Applications of the coalescent with recombination in molecular evolution

Resumo

La teoría de la coalescencia describe la probabilidad de diferentes historias genealógicas de una muestra de genes evolucionados bajo un modelo neutras de Wright- Fisher. Las simulaciones realizadas mediante el coalescente son comunmente usados en genética para testar hipótesis evolutivas o estimar parámetros. ES importante que el modelo de simulación sea lo más elástico posible. En esta tesis se ha desarrollado una herramienta basada en el coalescente para simular secuencias doficantes y nocodificantes de DNA en presencia de reombinación, demografía, migración, selección y todo ello bajo dversos modelos evolutivos. Estas herramientas han sido pimplementadas en los programas "Recodon" y "Netrecodon". Además se ha demostrado que la recombinación no sesga las estimas de la adaptación molecular a nivel global, aunque sí a nivel local (codones). También se ha demostrado que la recombinación introduce un error en la reconstrucción de seuencias ancestrales, aunque este error se puede reducir ligeramente si los puntos de corte son considerados. Las clases teóricas de caracterización de redes filogenéticas son insuficientes. Se ha desarrollado un nuevó método para coestimar recombinación, selección y sustitución basado en Approximate Baysic Computation. El trabajo ha sido publicado en Genetics (2 artículos), MBE, BMC, Bioinformatics y Retrovirology.