Análisis bioinformático para la caracterización de perfiles moleculares asociados a metástasis de carcinoma de próstata e identificación de biomarcadores mediante técnicas analíticas

Abstract

El cáncer de próstata es la tercera causa de muerte en varones. El carcinoma de próstata metastático origina consecuencias fatales para la supervivencia de la población. Todavía se desconocen los mecanismos desencadenantes de la metástasis y los estudios encaminados al conocimiento de los biomarcadores de enfermedad metastática son muy limitados. El objetivo de este trabajo es desarrollar y aplicar estrategias bioinformáticas para la selección de perfiles de biomarcadores que ayuden en la detección temprana del cáncer de próstata metastático. Se emplearon bases de datos de "microarrays" públicas para la selección de un perfil de genes relacionados con la enfermedad metastática. Se encontraron 63 genes diferencialmente expresados y estadísticamente significativos al usar el test estadístico U de Mann-Whitney con corrección de Bonferroni. También se emplearon algoritmos de análisis de componentes principales, agrupamientos jerárquicos, razonamiento basados en casos y de enriquecimiento de grupos de genes. Se realizó el análisis proteómico en dos líneas celulares de cáncer de próstata, una andrógeno-dependiente (LNCaP) y otra andrógeno-resistente (PC3), para identificar los biomarcadores previamente seleccionados. Se desarrollaron técnicas de inmunoprecipitación basadas en el uso de partículas magnéticas y se aplicaron en el pre-tratamiento de las muestras celulares usando anticuerpos seleccionados. Se empleó el Western Blot en la identificación proteica. Se realizaron análisis por cromatografía líquida en fase reversa acoplada a Espectrometría de Masas en tándem de ionización por electrospray (LC-MS/MS) con el propósito de caracterización de las proteínas objeto de estudio.